运输公司收取员工6000元上岗违章保证金，合法性

公司收取员工上岗违章保证金不合法。依据《劳动合同法》，单位禁止向劳动者收取任何形式财物，违法收取将受罚款，并需退还及赔偿。不及时处理可能导致法律纠纷和公司信誉受损。
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公司应立即停止收取保证金并退还已收款项。处理方式包括：主动退还、按劳动行政部门要求退还并缴纳罚款、以及承担可能的赔偿责任。选择时应考虑法律规定和劳动者权益，避免法律风险和不良后果。
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不合法，应处理。具体操作：1.立即停止收取，对已收保证金进行统计；2.主动与劳动者沟通，说明情况并退还保证金；3.如被劳动行政部门查处，按要求退还并缴纳罚款；4.若有劳动者受损，积极协商赔偿事宜，避免法律纠纷。